TMS - CTE excluído mas consta na SD2/SF2 e SE1

Durante o processo de lançamento de lote para a viagem e cálculo do lote, os CTEs são gerados, pode acontecer de algum CTE não ser autorizado.
Para corrigir o problema, é realizado o estorno do carregamento e estorno do cálculo do frete. Nesse processo os CTES serão excluídos.
Porém em alguns casos o registro não é deletado nas tabelas SF2 / SD2 e SE1, sendo necessário realizar a exclusão via script.

PS: Já abri chamado na TOTVS, porém eles não tem relatos de quando isso acontece. Por ser um problema que não impacta na operação. A contabilidade descobre a ocorrência do mesmo, no ato da conferência.

Segue modelo de Script utilizado:

Tabelas do CTE - Retorna vazio na consulta
SELECT * FROM DT6700
where DT6_DOC IN ('000015877','000015879');

SELECT * FROM DTC700
WHERE DTC_DOC IN ('000015877','000015879');

Tabela SF2 - Campo F2_CHVNFE vazio

SELECT * FROM SF2700
WHERE F2_FILIAL = '01' AND F2_DOC IN ('000015877','000015879');

UPDATE SF2700 SET d_e_l_e_t_ = '*', r_e_c_d_e_l_ = R_E_C_N_O_
WHERE F2_FILIAL = '01' AND F2_DOC IN ('000015877','000015879');

SELECT * FROM SD2700
WHERE D2_FILIAL = '01' AND D2_DOC IN ('000015877','000015879');

UPDATE SD2700 SET d_e_l_e_t_ = '*', r_e_c_d_e_l_ = R_E_C_N_O_
WHERE D2_FILIAL = '01' AND D2_DOC IN ('000015877','000015879');

SELECT * FROM SE1700
WHERE E1_FILIAL = '01' AND E1_PREFIXO = '001' AND E1_NUM IN ('000015877','000015879');

UPDATE SE1700 SET d_e_l_e_t_ = '*', r_e_c_d_e_l_ = R_E_C_N_O_
WHERE E1_FILIAL = '01' AND E1_PREFIXO = '001' AND E1_NUM IN ('000015877','000015879');